Uprava Krke se oslanja na odlučnost, odgovornost i jasnu viziju u rukovođenju zaposlenima, kako bi ispunila ciljeve i misiju kompanije. Složenim poslovnim procesima pristupa se na transparentan način, što zahteva blisku i intenzivnu saradnju zaposlenih.

Krkino korporativno upravljanje zasniva se na dvostepenom sistemu. Upravni odbor upravlja kompanijom, dok njegovo postupanje kontroliše Nadzorni odbor. Korporativno upravljanje zasnovano je na zakonodavstvu Republike Slovenije, slovenačkoj i međunarodnoj dobroj praksi, javno dostupnoj Politici korporativnog upravljanja kompanije i njenim internim pravilima.